Licenciado en Ciencias de la Información por la Universidad de Navarra y poseedor de un Programa de Alta Dirección del IESE de Madrid, Astorqui comenzó su carrera trabajando en diversos medios de comunicación. Más tarde llegó a ser consejero delegado de Burson Marsteller España, puesto que abandonó en 1996 para ocuparse de la dirección de Caja Madrid.
Así mismo, en el año 2006 asumió la presidencia de Autocontrol, Asociación para la Autorregulación de la Comunicación Comercial. También ha sido consejero de la Sala Retiro de Caja Madrid, del Parque Biológico de Madrid (Faunia) y del Palacio de Deportes de la capital.
El cese de Juan Astorqui supone el primer cambio dentro de la estructura directiva de Caja Madrid desde la llegada de Rodrigo Rato el pasado mes de enero.